Každý vytápěcí systém lze jako celek rozdělit do dvou částí – zdroj tepla (plynové kotle, tepelná čerpadla, solární kolektory, a další možnosti) a systém rozvodu tepla.

Z hlediska šíření tepla pracují oba systémy na mírně odlišném principu. Jelikož radiátory mají menší teplosměnnou plochu, k dosažení požadovaného tepelného výkonu musí pracovat s vyššími teplotami vody (nad 60–80 °C). Teplo je tedy koncentrováno do malého objemu vzduchu kolem radiátoru. Přehřátý vzduch v okolí radiátoru má odlišnou hustotu oproti vzduchu ve zbytku místnosti. Tento rozdíl hustot způsobuje proudění vzduchu. Šíření tepla z radiátorů do místnosti tedy nastává konvektivně, tj. prouděním. Proudění vzduchu je doprovázeno vířením prachu, které může způsobovat problémy lidem s respiračními onemocněními nebo vyvolávat alergické reakce. Soustředění tepla v okolí radiátorů dále způsobuje nerovnoměrné vyhřívání místností. Okolí radiátoru je přehřáté, zatímco protilehlý kout může být výrazně podchlazený.

Podlahové topení pracuje s větší teplosměnnou plochou a nižšími teplotami (běžně i pod 40 °C), které jsou dobře kombinovatelné např. s tepelným čerpadlem nebo kondenzačním kotlem. Teplo není šířeno prouděním, ale sáláním (zářením). Rovnoměrné rozložení rozvodů v podlaze zajišťuje téměř stejnou teplotu v celé místnosti bez zón s vysokými a nízkými teplotami. Vzduch při tomto řešení rozvodu tepla neproudí, a tedy nenastává problém s vířením prachu.
Takže co je lepší, podlahové topení nebo radiátory? Ačkoliv se může na první pohled zdát, že podlahové topení má řadu výhod oproti klasickým radiátorům, nelze obecně prohlásit jeden systém za lepší a druhý za horší. Oba systémy jsou v určitých situacích výhodné a v jiných případech zase ne.